وقع المتحف المصري الكبير بروتوكولًا مع جهاز شئون البيئة، يهدف إلى تعزيز حماية البيئة ونشر الوعي البيئي، وذلك في إطار التعاون الوثيق بين وزارتي السياحة والآثار، والبيئة، وذلك لحماية البيئة والحفاظ عليها، ودعم السياسات البيئية التي تنتهجها الدولة بما يحقق أهداف التنمية المستدامة، وكذلك تطبيق المعايير والممارسات البيئية داخل المتحف المصري الكبير، تمهيداً لإعلانه "متحف أخضر صديق للبيئة".

يهدف البروتوكول إلى نشر الوعي البيئي وذلك من خلال رصد نسب تلوث الهواء والضوضاء في منطقة المتحف والمنطقة المحيطة بصفة دورية من خلال محطة الرصد التابعة لوزارة البيئة، والعمل على دعم المنطقة المحيطة بالمتحف بالأشجار.

البروتوكول ينص على سعى المتحف المصري الكبير لاستخدام أدوات ومستلزمات صديقة للبيئة داخله، والقيام بعرض الأنشطة البيئية (توعية بيئية، مواد علمية، عرض مطبوعات وإصدارات التوعية لوزارة البيئة والصور والأفلام الخاصة بالمحميات الطبيعية والتنوع البيولوجي)، بالإضافة إلى تقديم برنامج تثقيفي بيئي ضمن الأنشطة الثقافية بالمتحف، وأيضًا المساهمة في الترويج للسياحة البيئية من خلال توزيع مطبوعات للتوعية بأماكن المحميات الطبيعية بمصر على الزائرين.

يحرص المتحف المصري الكبير منذ إنشائه على دمج البعد البيئي في بنيته وإدارته، وهو ما أهله للحصول على شهادة البناء الأخضر والاستدامة.

سيتم تشكيل لجنة فنية مشتركة من طرفي البروتوكول تنعقد كل ثلاثة أشهر أو كلما دعت الحاجة للمراقبة الفنية والمتابعة الدورية للأنشطة محل البروتوكول، ويحق للجنة في سبيل ذلك الاستعانة بمن تراه مناسبًا من الجهات الادارية المعنية، على أن تقوم اللجنة برفع تقارير دورية للسلطة المختصة بالجهاز والمتحف.