يتولى إدارة هيئة الأوقاف مجلس إدارة، ويشكل من بين أعضائه أو من غيرهم من الخبراء والمتخصصين لجانًا نوعيـة، وذلك وفقا للقانون رقم 209 لسنة 2020 بإصدار قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية، وفيما يلى نستعرض اختصاصات المجلس وفقا لما ورد فى التشريع.

مجلس إدارة الهيئة هو السلطة العليا المهيمنة على شئونها، وله أن يتخذ ما يراه لازمًا من قرارات لمبـاشرة اختصــاص الهيئــة لتحقيق الغـــرض الذى قـــامت من أجـــله، وله على الأخص ما يأتى:

وضع الهيكل التنظيمى والإدارى للهيئة.

رسم السياسة العامة لإدارة واستثمار أموال الأوقاف.

الموافقة على مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامى.

تعيين العاملين بالهيئة وفق الضوابط القانونية المقررة.

وضع النظم الكفيلة بتنمية إيرادات الأوقاف، وتحصيلها بصفة منتظمة.

النظر فى التقارير الدورية التى تقدم عن سير العمل بالهيئة ومركزها المـالي.

الموافقة على منح التوكيلات المنصوص عليها فى البند (رابعًا) من المـادة (4) من هذا القانون.

عقد القروض وقبول الهبات والوصايا والتبرعات، وصرفها فى الأوجه المخصصة لها.

النظر فى كل ما يرى وزير الأوقاف أو رئيس المجلس عرضه من المسائل التى تتعلق بنشاط الهيئة.

إصدار اللوائح والقرارات الداخلية فى المسائل المـالية والإدارية والفنية التى تسير عليها الهيئة وغيرها من اللوائح المتعلقة بنشاطها.

التقدم باقتراحات نزع الملكية للمنفعة العامة لإقامة منشآت للهيئة، وذلك وفقًا لأحكام القانون رقم 10 لسنة 1990 بشأن نزع ملكية العقارات للمنفعة العامة.