تنقسم محكمة القضاء الإدارى الى مجموعة من الدوائر ، الدائرة الأولى هى دائرة الحقوق والحريات العامة والتى تختص بنظر المنازعات المتعلقة بـالحقوق والحريات العامة، انتخابات مجلس النواب والمجالس الشعبية المحلية. الإقامة والإبعاد من أراضى الجمهورية أو الحرمان من دخولها والمنع من السفر وترقب الوصول، المنازعات.

أما لدائرة الثانية فهى دائرة النقابات والجمعيات والتى تختص بنظر المنازعات المتعلقة بـ: النقابات المهنية والعمالية وغيرها من النقابات واتحادات الغرف الصناعية أو التجارية وغيرها والانتخابات الخاصة بكل ذلك. الجمعيات والأندية الرياضية والمنظمات الخاصة بالشباب.

والدائرة الثالثة هى دائرة التراخيص والتى تختص بنظر المنازعات المتعلقة بـهيئة المجتمعات العمرانية الجديدة وكافة منازعات الأراضى والمساكن الخاصة بالهيئة وأجهزتها المختلفة فى أية مرحلة كانت كما تختص دون غيرها من دوائر المحكمة بنظر.

والدائرة الرابعة هى دائرة الضرائب والرسوم والتى تختص بنظر المنازعات المتعلقة بـ: الضريبة على العقارات المبنية وضريبة الأطيان الزراعية والضرائب والرسوم الجمركية والضريبة العامة على المبيعات وضريبة الملاهي.

والدائرة الخامسة وهى التى تختص بالبناء والتخطيط العمراني والمنازعات المتعلقة بـ: أحكام القوانين المنظمة للبناء ومنازعات التراخيص الخاصة بهما مما يدخل فى اختصاص القضاء الإدارى عدا ما تختص به أى دائرة اخرى قرارات وقف وازالة.

الدائرة السادسة تعليم وتختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: طلبة المدارس والمعاهد والجامعات المختلفة. ضم المعاهد الأزهرية. طلبات التعويض المرتبطة بطلبات الإلغاء التى تختص هذه الدائرة بنظرها. منازعات التنفيذ وإشكالات التنفيذ المتعلقة بالأحكام.

والدائرة السابعة هى دائرة الإزالات والتى تختص بنظر الاستيلاء والتخصيص للمنفعة العامة ونزع الملكية ومقابل التحسين والإعلانات 2- قرارات إزالة التعدى على أملاك الدولة العامة والخاصة 3- قرارات ازالة التعدى على اراضى الآثار والأراضى الزراعية والطرق العامة والمرافق.

والدائرة الثامنة دائرة العقود والتى تختص بنظر المنازعات المتعلقة بـ: العقود الإدارية تخصيص المساكن والعقود الخاصة بها التى تدخل فى اختصاص محكمة القضاء الادارى عدا ما تختص به الدائرة الثالثة تخصيص أراضى الدولة وتمليكها.

والدائرة التاسعة هى دائرة تعويضات موضوعي وتختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: طلبات التعويض عن كافة منازعات الأفراد أو العاملين التى تدخل منازعاتهم الإدارية فى اختصاص محكمة القضاء الإدارى فيما عدا طلبات التعويض عن قرارات الاعتقال.

والدائرة العاشرة هى تعويضات واعتقالات وتختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: 1- طلبات التعويض عن قرارات الاعتقال 2- بدل التفرغ وبدل المخاطر بالنسبة للعاملين الخاضعين للقانون رقم 47 لسنة 1978 أو لورثتهم 3- منازعات التنفيذ.

والدائرة الحادية عشرة "عاملين – مدنيين" وتختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: طلبات إلغاء قرارات التعيين والترقية والنقل والندب وإنهاء الخدمة وتقارير الكفاية والإحالة إلى المعاش للعاملين المدنيين الخاضعين لأحكام القانون 47 لسنة 1978 أو ورثتهم.

والدائرة الثانية عشرة " تسويات-عاملين مدنيين" والتى تختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: التسويات والمرتبات والبدلات الوظيفية وكافة المنازعات المالية المتعلقة بالعاملين المدنيين الخاضعين لقانون العاملين المدنيين بالدولة رقم 47 لسنة 1978 أو ورثتهم عدا ماتختص بنظره.

والدائرة الثالثة عشرة هى دائرة كادرات خاصة وتختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: طلب إلغاء القرارات الإدارية النهائية الصادرة بالتعيين والترقية والنقل والندب وإنهاء الخدمة وتقارير الكفاية والإحالة إلى المعاش بالنسبة للعاملين الذين تنظم شئون توظفهم قوانين.

والدائرة الرابعة عشرة هى دائرة تسويات-كادرات خاصة و تختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: التسويات والمرتبات والبدلات الوظيفية والمعاشات وكافة المنازعات المالية بالنسبة للعاملين الذين تنظم شئون توظفهم قوانين أو لوائح خاصة أو لورثتهم عدا ما تختص به.

الخامسة عشرة وهى بدلات- عاملين مدنيين وتختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: التسويات والمرتبات والبدلات الوظيفية والمعاشات وكافة المنازعات المالية المتعلقة بالعاملين بوزارة الخارجية الخاضعين لقانون العاملين المدنيين بالدولة رقم 47 لسنة 1978 ومعاشتهم أو لورثتهم.

والدائرة السادسة عشرة وهى دائرة طعون استئنافية وتختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: كافة الطعون الاستئنافية على الأحكام الصادرة من دوائر المحكمة الإدارية بالقاهرة منازعات التنفيذ وإشكالات التنفيذ المتعلقة بالأحكام الصادرة من هذه الدائرة.

والدائرة السابعة عشرة هى دائرة تراخيص والتى تختص هذه الدائرة بنظر المنازعات المتعلقة بـ: التراخيص بجميع أنواعها بما فيها الترخيص بإنشاء المنشآت الفندقية والسياحية وتنظيم المناطق السياحية وشركات السياحة ودور التعليم ورخص القيادة وتسيير المركبات عدا ما تختص.