تضمنت اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم العمل بالمستشفيات الجامعية، عددا من الاختصاصات للمجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية، لعل أبرزها وضع الضوابط والأطر العامة التى تضمن التنسيق والتعاون بين جميع المستشفيات الجامعية بما يضمن حسن استغلال وتنمية مواردها دون المساس بالعلاج المجانى، وفيما يلى نستعرض هذه الاختصاصات بالتفصيل.

ووفقا لنص اللائحة التنفيذية

يختص المجلس الأعلى للمستشفيات الجامعية بما يأتى:

- وضع الضوابط والأطر العامة التى تضمن التنسيق والتعاون بين جميع المستشفيات الجامعية بما يضمن حسن استغلال وتنمية مواردها دون المساس بالعلاج المجانى.

- وضع الضوابط والأطر العامة التى تضمن التنسيق والتعاون بين جميع مقدمى الخدمة الصحية التابعين للجهات المختلفة وخاصة الوزارة المختصة بالصحة وهيئات التأمين الصحى المختلفة.

- وضع النظم العامة لتطوير وتقييم الأداء بالمستشفيات الجامعية.

- إقرار تطبيق الإرشادات العلاجية الموحدة التى أقرتها اللجان الطبية القومية حال وجودها.

-متابعة تطبيق اللوائح الموحدة الخاصة بطلاب التدريب من كليات ومعاهد القطاع الصحى والتى يصدر بها قرار من الوزير المختص بالتعليم العالى.

- متابعة تطبيق البرامج الموحدة لتدريب خريجى كليات القطاع الصحى بكليات القطاع الصحى.

- اقتراح الضوابط والقواعد الموحدة الخاصة بالمقيمين من الأطباء وغيرهم من أعضاء المهن الصحية والتى يصدر بها قرار من الوزير المختص بالتعليم العالى.

- المعاونة فى تطبيق السياسات البحثية التى تقرها مجالس الأقسام والكليات بكليات القطاع الصحى وبما يحقق التكامل بين المستشفيات الجامعية.

- تنسيق وتنظيم وتطوير عمليات الشراء المجمع للأجهزة الطبية والمستلزمات الخاصة بالمستشفيات الجامعية وبما يتضمنه ذلك من قواعد وضوابط فنية وإدارية ومالية.

-إبداء الرأى فيما يعرض عليه من الوزير المختص بالتعليم العالى أو رؤساء الجامعات أو أمين المجلس الأعلى للجامعات أو لجان القطاع الصحى فيما يتعلق بالموضوعات التى تدخل فى اختصاصاته.